Předmětem této bakalářské práce je optimalizace multiplex PCR pro detekci patogenních bakterií rodu Xanthomonas. Spoužitím primerových párů Bs-Xg (Koenraadt et al., 2007), Bs-Xp (Koenraadt et al., 2007), Xe_330CG1,2 (Stehlíková a Beran, nepublikováno) a Xv_367CG1-1,9 (Stehlíková a Beran, nepublikováno) byla úspěšně optimalizována multiplex PCR reakce pro detekci Xanthomonas gardneri, Xanthomonas perforans, Xanthomonas euvesicatoria a Xanthomonas vesicatoria v jedné reakci. Vybrané primerové páry byly testované na rozsáhlém souboru jiných bakterií patogenních pro rajče a papriku.
Anotace v angličtině
The subject of this work is the optimization of multiplex PCR for the detection of pathogenic bacteria of the genus Xanthomonas. Were successfully managed to optimized multiplex PCR reaction for simultaneous detection of Xanthomonas gardneri, Xanthomonas perforans, Xanthomonas euvesicatoria, and Xanthomonas vesicatoria using four primer pairs: Bs-Xg (Koenraadt et al., 2007), Bs-Xp (Koenraadt et al., 2007), Xe_330CG1,2 (Stehlíková a Beran, unpublished) and Xv_367CG1-1,9 (Stehlíková a Beran, unpublished). The selected primer pairs were also tested on a wide scale of other bacteria of Xanthomonas genus and non-Xanthomonas pathogens for tomatoes and peppers.
Předmětem této bakalářské práce je optimalizace multiplex PCR pro detekci patogenních bakterií rodu Xanthomonas. Spoužitím primerových párů Bs-Xg (Koenraadt et al., 2007), Bs-Xp (Koenraadt et al., 2007), Xe_330CG1,2 (Stehlíková a Beran, nepublikováno) a Xv_367CG1-1,9 (Stehlíková a Beran, nepublikováno) byla úspěšně optimalizována multiplex PCR reakce pro detekci Xanthomonas gardneri, Xanthomonas perforans, Xanthomonas euvesicatoria a Xanthomonas vesicatoria v jedné reakci. Vybrané primerové páry byly testované na rozsáhlém souboru jiných bakterií patogenních pro rajče a papriku.
Anotace v angličtině
The subject of this work is the optimization of multiplex PCR for the detection of pathogenic bacteria of the genus Xanthomonas. Were successfully managed to optimized multiplex PCR reaction for simultaneous detection of Xanthomonas gardneri, Xanthomonas perforans, Xanthomonas euvesicatoria, and Xanthomonas vesicatoria using four primer pairs: Bs-Xg (Koenraadt et al., 2007), Bs-Xp (Koenraadt et al., 2007), Xe_330CG1,2 (Stehlíková a Beran, unpublished) and Xv_367CG1-1,9 (Stehlíková a Beran, unpublished). The selected primer pairs were also tested on a wide scale of other bacteria of Xanthomonas genus and non-Xanthomonas pathogens for tomatoes and peppers.
Cílem práce je optimalizovat detekční postup pro fytopatogenní skupiny bakterií rodu Xanthomonas, které způsobují bakteriální skvrnitost u rajčat a paprik.
Cíle práce: Definice hypotéz a cílů práce.
Literární přehled: Charakteristika a význam xanthomonád patogenních pro rajče a papriku, princip PCR metody, návrh primerů, multiplex PCR.
Materiál a metody: Charakteristika studovaných bakteriálních kmenů, izolace bakteriální DNA, návrh několika sad primerů, verifikace primerů metodou PCR a multiplex PCR.
Výsledky: Výběr nejvhodnějších primerů, optimalizace metody, vyhodnocení dat.
Diskuze: Porovnání vlastních výsledků s literárními zdroji, posouzení možností praktického uplatnění dosažených výsledků, poznatků a doporučení.
Závěr: Přehledné shrnutí nejdůležitějších poznatků, naplnění cílů práce.
Seznam použité literatury: V abecedním pořadí dle platné citační normy ČSN ISO 690 (01 0197).
Obsah: Uvedení stran jednotlivých kapitol práce.
Zásady pro vypracování
Cílem práce je optimalizovat detekční postup pro fytopatogenní skupiny bakterií rodu Xanthomonas, které způsobují bakteriální skvrnitost u rajčat a paprik.
Cíle práce: Definice hypotéz a cílů práce.
Literární přehled: Charakteristika a význam xanthomonád patogenních pro rajče a papriku, princip PCR metody, návrh primerů, multiplex PCR.
Materiál a metody: Charakteristika studovaných bakteriálních kmenů, izolace bakteriální DNA, návrh několika sad primerů, verifikace primerů metodou PCR a multiplex PCR.
Výsledky: Výběr nejvhodnějších primerů, optimalizace metody, vyhodnocení dat.
Diskuze: Porovnání vlastních výsledků s literárními zdroji, posouzení možností praktického uplatnění dosažených výsledků, poznatků a doporučení.
Závěr: Přehledné shrnutí nejdůležitějších poznatků, naplnění cílů práce.
Seznam použité literatury: V abecedním pořadí dle platné citační normy ČSN ISO 690 (01 0197).
Obsah: Uvedení stran jednotlivých kapitol práce.
Seznam doporučené literatury
Bednář M. a kol. Lékařská mikrobiologie. Marvil Praha, 1999, 558 s. (Vybrané kapitoly).
Cudlín J. a kol. Vybrané metody v mikrobiologii. Academia Praha, 1981, 492 s. (Vybrané kapitoly).
Kaprálek F. Fyziologie bakterií. Státní pedagogické nakladatelství, Praha, 1986, 608 s. (Vybrané kapitoly).
Klaban V. Ilustrovaný mikrobiologický slovník. Galen Praha, 2005, 654 s.
Krumphanzl V., Řeháček Z. a kol. Mikrobiální technologie. Academia Praha, 1988, 364 s. (Vybrané kapitoly).
Kůdela V., Novacky A., Fucikovsky L. Rostlinolékařská bakteriologie. Academia Praha, 2002, 347 s.
Kůdela V. a kol.: Obecná fytopatologie. Academia Praha, 1989, 388 s. (Vybrané kapitoly).
Rosypal S. Obecná bakteriologie. Státní pedagogické nakladatelství, Praha, 1981, 749 s. (Vybranékapitoly).
Sedláček I. Taxonomie prokaryot. Masarykova univerzita v Brně, 2007, 270 s. (Vybrané kapitoly).
Šilhánková L. Mikrobiologie pro potravináře a biotechnology. Academia Praha, 2002, 363s. (Vybrané kapitoly).
Šmarda J. a kol. Metody molekulární biologie. Masarykova univerzita v Brně, 2008, 188 s.
Retrospektivní rešerše z databází: AGRIS, Web of Science, Biological Abstracts
Seznam doporučené literatury
Bednář M. a kol. Lékařská mikrobiologie. Marvil Praha, 1999, 558 s. (Vybrané kapitoly).
Cudlín J. a kol. Vybrané metody v mikrobiologii. Academia Praha, 1981, 492 s. (Vybrané kapitoly).
Kaprálek F. Fyziologie bakterií. Státní pedagogické nakladatelství, Praha, 1986, 608 s. (Vybrané kapitoly).
Klaban V. Ilustrovaný mikrobiologický slovník. Galen Praha, 2005, 654 s.
Krumphanzl V., Řeháček Z. a kol. Mikrobiální technologie. Academia Praha, 1988, 364 s. (Vybrané kapitoly).
Kůdela V., Novacky A., Fucikovsky L. Rostlinolékařská bakteriologie. Academia Praha, 2002, 347 s.
Kůdela V. a kol.: Obecná fytopatologie. Academia Praha, 1989, 388 s. (Vybrané kapitoly).
Rosypal S. Obecná bakteriologie. Státní pedagogické nakladatelství, Praha, 1981, 749 s. (Vybranékapitoly).
Sedláček I. Taxonomie prokaryot. Masarykova univerzita v Brně, 2007, 270 s. (Vybrané kapitoly).
Šilhánková L. Mikrobiologie pro potravináře a biotechnology. Academia Praha, 2002, 363s. (Vybrané kapitoly).
Šmarda J. a kol. Metody molekulární biologie. Masarykova univerzita v Brně, 2008, 188 s.
Retrospektivní rešerše z databází: AGRIS, Web of Science, Biological Abstracts