Ve své bakalářské práci jsem se zabývala detekcí mutací v BRCA genech a jejich vlivem na vznik karcinomu prsu. Toto téma je v dnešní době velice důležité, protože právě karcinomy prsu jsou nejčastějším nádorovým onemocněním u žen v České republice (Weinberger a Zikán, 2016).
V teoretické části jsem se zaměřila na karcinom prsu, především na jeho diagnostiku a následnou léčbu. Dále jsem se věnovala genetickému poradenství a vyšetření, které je pro diagnostiku dědičných forem karcinomů velmi důležité. Uvedla jsem základní informace týkající se BRCA genů a jejich bílkovinných produktů a shrnula jsem problematiku mutací v těchto genech a jejich souvislost s nádorovým onemocněním, zejména prsu a ovária.
V praktické části jsem se věnovala vyšetření vybraných oblastí BRCA genů metodou Sangerova sekvenování. Dnes se BRCA geny vyšetřují metodou NGS, protože umožňuje prohlédnout všechny exony daného genu najednou, ale toto testování nebylo v mých laboratorních podmínkách možné provést, proto jsem zvolila metodu Sangerova sekvenování, která má však určitá kapacitní omezení. Pomocí metody PCR jsem připravila vzorky pro Sangerovo sekvenování, které následně provedla firma Genseq s.r.o.
V poslední části své práce jsem zpracovala získané sekvence a provedla vyhodnocení výsledků. Sekvenační metodou jsem nechala vyšetřit celkem 20 anonymizovaných vzorků, z toho byla mutace přítomna u 4 vzorků - jedna byla patogenní, jedna benigní a dvě s nejasným významem.
Anotace v angličtině
In my bachelor thesis I dealt with the detection of mutations in BRCA genes and their effect on the development of breast cancer. Nowadays, this topic is very important, because breast cancer is the most common cancer among women in the Czech Republic (Weinberger a Zikán, 2016).
In the theoretical part I focused on breast cancer, particularly on its diagnosis and consequent treatment. I also dedicated genetic counselling and examination, which is very important for the diagnosis of hereditary forms of cancer. I mentioned basic information about BRCA genes, and their protein products and I summarized the issue of mutations in these genes and their relationship to cancer, particularly breast and ovarian.
In the practical part, I focused on the examination of selected areas of BRCA genes by the Sanger sequencing method. At present, BRCA genes are examined by the NGS method, because it allows for the analysis of all exons of one particular gene at once, but this testing wasn't possible to realize in my laboratory conditions, therefore I have chosen the method of Sanger sequencing, which does, however, have certain capacity limitations. By using the PCR method, I prepared samples for testing by Sanger sequencing. This testing was conducted by the firm Genseq s.r.o.
In the last part of my thesis I processed the obtained sequences and I evaluated the results. I examined a total of 20 anonymized samples using the sequencing method. Mutation was present in 4 samples of the total amount - one was pathogenic, one benign and two of uncertain significance.
BRCA1, BRCA2, breast cancer, Sanger sequencing, genetic testing, MLPA
Rozsah průvodní práce
64 s.
Jazyk
CZ
Anotace
Ve své bakalářské práci jsem se zabývala detekcí mutací v BRCA genech a jejich vlivem na vznik karcinomu prsu. Toto téma je v dnešní době velice důležité, protože právě karcinomy prsu jsou nejčastějším nádorovým onemocněním u žen v České republice (Weinberger a Zikán, 2016).
V teoretické části jsem se zaměřila na karcinom prsu, především na jeho diagnostiku a následnou léčbu. Dále jsem se věnovala genetickému poradenství a vyšetření, které je pro diagnostiku dědičných forem karcinomů velmi důležité. Uvedla jsem základní informace týkající se BRCA genů a jejich bílkovinných produktů a shrnula jsem problematiku mutací v těchto genech a jejich souvislost s nádorovým onemocněním, zejména prsu a ovária.
V praktické části jsem se věnovala vyšetření vybraných oblastí BRCA genů metodou Sangerova sekvenování. Dnes se BRCA geny vyšetřují metodou NGS, protože umožňuje prohlédnout všechny exony daného genu najednou, ale toto testování nebylo v mých laboratorních podmínkách možné provést, proto jsem zvolila metodu Sangerova sekvenování, která má však určitá kapacitní omezení. Pomocí metody PCR jsem připravila vzorky pro Sangerovo sekvenování, které následně provedla firma Genseq s.r.o.
V poslední části své práce jsem zpracovala získané sekvence a provedla vyhodnocení výsledků. Sekvenační metodou jsem nechala vyšetřit celkem 20 anonymizovaných vzorků, z toho byla mutace přítomna u 4 vzorků - jedna byla patogenní, jedna benigní a dvě s nejasným významem.
Anotace v angličtině
In my bachelor thesis I dealt with the detection of mutations in BRCA genes and their effect on the development of breast cancer. Nowadays, this topic is very important, because breast cancer is the most common cancer among women in the Czech Republic (Weinberger a Zikán, 2016).
In the theoretical part I focused on breast cancer, particularly on its diagnosis and consequent treatment. I also dedicated genetic counselling and examination, which is very important for the diagnosis of hereditary forms of cancer. I mentioned basic information about BRCA genes, and their protein products and I summarized the issue of mutations in these genes and their relationship to cancer, particularly breast and ovarian.
In the practical part, I focused on the examination of selected areas of BRCA genes by the Sanger sequencing method. At present, BRCA genes are examined by the NGS method, because it allows for the analysis of all exons of one particular gene at once, but this testing wasn't possible to realize in my laboratory conditions, therefore I have chosen the method of Sanger sequencing, which does, however, have certain capacity limitations. By using the PCR method, I prepared samples for testing by Sanger sequencing. This testing was conducted by the firm Genseq s.r.o.
In the last part of my thesis I processed the obtained sequences and I evaluated the results. I examined a total of 20 anonymized samples using the sequencing method. Mutation was present in 4 samples of the total amount - one was pathogenic, one benign and two of uncertain significance.
BRCA1, BRCA2, breast cancer, Sanger sequencing, genetic testing, MLPA
Zásady pro vypracování
Současný stav:
Značná část populace je postižena nádorovým bujením. Příčina velkého množství typů nádorů může být genetická. Jedná se zejména o karcinomy prsu, ovárií, slinivky, některé nádory střev a mozku. Již jsou známy vlivy některých mutací na vznik karcinomu. Je velmi přínosné včas identifikovat tyto mutace u pacientů, kteří jsou zatíženi karcinomy v rodinné anamnéze. U pacientů s prokázanými patogenními mutacemi je pak vhodná častější prevence.
Cíle:
1) Seznámení se s nejčastějšími hereditálními karcinomy, geny, které je mohou způsobovat a metodami pro analýzu mutací
2) Vyšetření cca 20 vzorků sekvenační metodou a metodou MLPA
3) Analýza sekvencí a srovnání získaných dat s údaji s genetických databází
4) Seznámení se s možností sekvenování DNA pomocí techniky masivního paralelního sekvenování (NGS)
Metodika:
Stanovení rodokomenů u rodin s podezřením na hereditální karcinom.
Izolace a kvantifikace DNA.
Optimalizace amplifikace vybraných úseků DNA a následné Sangerovo sekvenování genů BRCA1 a BRCA2.
Optimalizace metody MLPA.
Zhodnocení, možnosti využití optimalizované metodiky pro laboratorní praxi.
Zásady pro vypracování
Současný stav:
Značná část populace je postižena nádorovým bujením. Příčina velkého množství typů nádorů může být genetická. Jedná se zejména o karcinomy prsu, ovárií, slinivky, některé nádory střev a mozku. Již jsou známy vlivy některých mutací na vznik karcinomu. Je velmi přínosné včas identifikovat tyto mutace u pacientů, kteří jsou zatíženi karcinomy v rodinné anamnéze. U pacientů s prokázanými patogenními mutacemi je pak vhodná častější prevence.
Cíle:
1) Seznámení se s nejčastějšími hereditálními karcinomy, geny, které je mohou způsobovat a metodami pro analýzu mutací
2) Vyšetření cca 20 vzorků sekvenační metodou a metodou MLPA
3) Analýza sekvencí a srovnání získaných dat s údaji s genetických databází
4) Seznámení se s možností sekvenování DNA pomocí techniky masivního paralelního sekvenování (NGS)
Metodika:
Stanovení rodokomenů u rodin s podezřením na hereditální karcinom.
Izolace a kvantifikace DNA.
Optimalizace amplifikace vybraných úseků DNA a následné Sangerovo sekvenování genů BRCA1 a BRCA2.
Optimalizace metody MLPA.
Zhodnocení, možnosti využití optimalizované metodiky pro laboratorní praxi.
Seznam doporučené literatury
HATINA, Jiří a Brian D. SYKES. Lékařská genetika: problémy a přístupy. Praha: Academia, 1999. ISBN 80-200-0700-8
OTOVÁ, Berta a Romana MIHALOVÁ. Základy biologie a genetiky člověka. Praha: Karolinum, 2012. ISBN 978-80-246-2109-8.
BERÁNEK, Martin. Molekulární genetika pro bioanalytiky. Praha: Karolinum, 2016. ISBN 978-80-246-3224-7.
Easton, D. F., Ford, D., Bishop, D. T., Breast Cancer Linkage Consortium. Breast and ovarian cancer incidence in BRCA1-mutation carriers. Am. J. Hum. Genet. 56: 265-271, 1995.
Jernstrom, H., Lerman, C., Ghadirian, P., Lynch, H. T., Weber, B., Garber, J., Daly, M., Olopade, O. I., Foulkes, W. D., Warner, E., Brunet, J.-S., Narod, S. A. Pregnancy and risk of early breast cancer in carriers of BRCA1 and BRCA2. Lancet 354: 1846-1850, 1999.
Seznam doporučené literatury
HATINA, Jiří a Brian D. SYKES. Lékařská genetika: problémy a přístupy. Praha: Academia, 1999. ISBN 80-200-0700-8
OTOVÁ, Berta a Romana MIHALOVÁ. Základy biologie a genetiky člověka. Praha: Karolinum, 2012. ISBN 978-80-246-2109-8.
BERÁNEK, Martin. Molekulární genetika pro bioanalytiky. Praha: Karolinum, 2016. ISBN 978-80-246-3224-7.
Easton, D. F., Ford, D., Bishop, D. T., Breast Cancer Linkage Consortium. Breast and ovarian cancer incidence in BRCA1-mutation carriers. Am. J. Hum. Genet. 56: 265-271, 1995.
Jernstrom, H., Lerman, C., Ghadirian, P., Lynch, H. T., Weber, B., Garber, J., Daly, M., Olopade, O. I., Foulkes, W. D., Warner, E., Brunet, J.-S., Narod, S. A. Pregnancy and risk of early breast cancer in carriers of BRCA1 and BRCA2. Lancet 354: 1846-1850, 1999.