Diplomová práce se zabývá určením struktur serpinů Iripin-1 (zastarale IRS-1) a Iripin-4 (zastarale IRS-4). Teoretická část poskytuje informace o klíštěti Ixodes ricinus a serpinech. O serpinech je uveden především jejich speciální mechanismus inhibice proteáz a jejich role v klíštěcí biologii a krmení. Ve druhé polovině je vysvětlen princip a proces určování proteinové struktury.
Experimentální část ukazuje data z rentgenové difrakce, její zpracování a také rafinaci a validaci obou struktur. Výsledky jsou podloženy četnými parametry, tabulkami a obrázky struktur Iripinu-1 a Iripinu-4. Nakonec jsou obě struktury mezi sebou porovnány.
Anotace v angličtině
The master thesis deals with determination of structures of serpins Iripin-1 (formerly IRS-1 and Iripin-4 (formerly IRS-4). The theoretical part gives information about Ixodes ricinus and serpins. About serpins, their special mechanism of inhibition of proteases and their role in tick biology and feeding are also discussed. In the second half, the principle of protein structure determination is explained.
The experimental part shows results of diffraction data processing and also refinement and validation of both structures. The results provide numerous parameters, tables and images of structures. Lastly, both structures are compared to each other.
Klíčová slova
Struktura proteinů, Serpiny, Ixodes ricinus, Rentgenová krystalografie, Iripin-1, Iripin-4
Klíčová slova v angličtině
Protein structure, Serpins, Ixodes ricinus, X-ray crystallography, Iripin-1, Iripin-4
Rozsah průvodní práce
62 s.
Jazyk
CZ
Anotace
Diplomová práce se zabývá určením struktur serpinů Iripin-1 (zastarale IRS-1) a Iripin-4 (zastarale IRS-4). Teoretická část poskytuje informace o klíštěti Ixodes ricinus a serpinech. O serpinech je uveden především jejich speciální mechanismus inhibice proteáz a jejich role v klíštěcí biologii a krmení. Ve druhé polovině je vysvětlen princip a proces určování proteinové struktury.
Experimentální část ukazuje data z rentgenové difrakce, její zpracování a také rafinaci a validaci obou struktur. Výsledky jsou podloženy četnými parametry, tabulkami a obrázky struktur Iripinu-1 a Iripinu-4. Nakonec jsou obě struktury mezi sebou porovnány.
Anotace v angličtině
The master thesis deals with determination of structures of serpins Iripin-1 (formerly IRS-1 and Iripin-4 (formerly IRS-4). The theoretical part gives information about Ixodes ricinus and serpins. About serpins, their special mechanism of inhibition of proteases and their role in tick biology and feeding are also discussed. In the second half, the principle of protein structure determination is explained.
The experimental part shows results of diffraction data processing and also refinement and validation of both structures. The results provide numerous parameters, tables and images of structures. Lastly, both structures are compared to each other.
Klíčová slova
Struktura proteinů, Serpiny, Ixodes ricinus, Rentgenová krystalografie, Iripin-1, Iripin-4
Klíčová slova v angličtině
Protein structure, Serpins, Ixodes ricinus, X-ray crystallography, Iripin-1, Iripin-4
Zásady pro vypracování
-
Zásady pro vypracování
-
Seznam doporučené literatury
-
Seznam doporučené literatury
-
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
ilustrace, tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
1. Prezentace práce studenta
2. Posudek školitele
3. Posudek oponentů
4. Odpovědi na dotazy a poznámky oponentů
5. Diskuze
R.L: Chybí ve smyčce více el.hustot?
R.L.: Ví se, kdy je inhibice neúspěšná ?
J. P: Jaký ligand se váže u serpentinu? Hostitelská ? Zvířecí ?
R.T: Proč struktura řešila ? Co bylo cílem ?Konformace je známá, potvrdila se poprvé struktura
R.T: Jaké je řešení struktury, jak se vyřeší fáze ?