Cílem práce bylo provedení genotypizace polymorfního lokusu CSN1S1, u kterého
dochází na exonu XVII v pozici 192 aminokyseliny výsledného proteinu k tranzici
A/G. Výsledkem substituce je zaměnění aminokyseliny glycinu za glutamin a
vytvoření dvou polymorfních variant, B a C. Druhým cílem bylo vyhodnocení těchto
alel ve vztahu k vlastnostem mléčné užitkovosti, znaků produkce a technologické
jakosti mléka. Analýza byla provedena u 234 vzorků dojnic holštýnsko-fríského
skotu a českého strakatého skotu, které byly odebrány ve vybraných farmových
chovech v Jihočeském kraji. Pro genotypizaci byly použity metody jako PCR a
RFLP, pro detekci výsledných genotypů byla použita restrikční endonukleáza HphI.
Následná vizualizace fragmentů proběhla na agarózovém gelu. Genotypy byly
nalezeny dva, a to genotyp BB a BC. Byly sestaveny výsledné frekvence v populaci
ze stanovených genotypů BB=0,888, BC=0,112. Asociační analýza byla
vyhodnocena pomocí SAS analytics software. Významný vliv lokusu na sledované
vlastnosti nebyl nalezen.
Anotace v angličtině
The first aim of this work was to genotype polymorphism locus CSN1S1. This gene
contains a transition in the exon XVII. This transition changes glycine to glutamine
in the position 192 of the final protein chain. This substitution creates two
polymorphism variants of this gene: variant B and C. In our study, two genotypes BB
and BC were observed. The second aim of this work was evaluation of the
relationship among observed genotypes and milk properties and technological milk
traits, e.g. curd firmness. The analysis was performed on 234 samples from Holstein
Friesian cattle and Czech fleckvieh cattle sampled on farms in the South Bohemia.
Genotyping was performed using molecular biology techniques PCR and RFLP.
Restriction endonuclease HpHI was used for RFLP. Fragments were visualized on
agarose gel. In our monitored population the frequencies of the genotypes BB and
BC were 0,888 and 0,112. Association analysis was performed using SAS analytics
software. Provable influence of the CSN1S1 locus polymorphism on studied traits
was not observed.
Cílem práce bylo provedení genotypizace polymorfního lokusu CSN1S1, u kterého
dochází na exonu XVII v pozici 192 aminokyseliny výsledného proteinu k tranzici
A/G. Výsledkem substituce je zaměnění aminokyseliny glycinu za glutamin a
vytvoření dvou polymorfních variant, B a C. Druhým cílem bylo vyhodnocení těchto
alel ve vztahu k vlastnostem mléčné užitkovosti, znaků produkce a technologické
jakosti mléka. Analýza byla provedena u 234 vzorků dojnic holštýnsko-fríského
skotu a českého strakatého skotu, které byly odebrány ve vybraných farmových
chovech v Jihočeském kraji. Pro genotypizaci byly použity metody jako PCR a
RFLP, pro detekci výsledných genotypů byla použita restrikční endonukleáza HphI.
Následná vizualizace fragmentů proběhla na agarózovém gelu. Genotypy byly
nalezeny dva, a to genotyp BB a BC. Byly sestaveny výsledné frekvence v populaci
ze stanovených genotypů BB=0,888, BC=0,112. Asociační analýza byla
vyhodnocena pomocí SAS analytics software. Významný vliv lokusu na sledované
vlastnosti nebyl nalezen.
Anotace v angličtině
The first aim of this work was to genotype polymorphism locus CSN1S1. This gene
contains a transition in the exon XVII. This transition changes glycine to glutamine
in the position 192 of the final protein chain. This substitution creates two
polymorphism variants of this gene: variant B and C. In our study, two genotypes BB
and BC were observed. The second aim of this work was evaluation of the
relationship among observed genotypes and milk properties and technological milk
traits, e.g. curd firmness. The analysis was performed on 234 samples from Holstein
Friesian cattle and Czech fleckvieh cattle sampled on farms in the South Bohemia.
Genotyping was performed using molecular biology techniques PCR and RFLP.
Restriction endonuclease HpHI was used for RFLP. Fragments were visualized on
agarose gel. In our monitored population the frequencies of the genotypes BB and
BC were 0,888 and 0,112. Association analysis was performed using SAS analytics
software. Provable influence of the CSN1S1 locus polymorphism on studied traits
was not observed.
V zootechnickém výzkumu je značná pozornost věnována studiu major genů s cílem využít získané znalosti ve šlechtění. Čelné místo zde zaujímají polymorfní geny ovlivňující produkční i reprodukční vlastnosti skotu.
Cílem je analyzovat potenciální vztah mezi polymorfními variantami a ekonomicky důležitými vlastnostmi, jako je dojivost, kvalita mléka, plodnost. Diplomová práce se bude týkat genotypizace kandidátního lokusu.
Cílem diplomové práce je provést genotypizaci kandidátního lokusu s potenciálním vztahem k mléčné užitkovosti krav v ČR.
Zavedete metodiku pro laboratorní analýzu lokusu a v návaznosti provedete genotypizaci panelu krav. Výběr lokusu provede vedoucí práce v závislosti na aktuální potřebě školitelského pracoviště tak, aby výsledky
bylo možné použít jako součást komplexní analýzy. Provedete asociační analýzu vztahu genotypu resp. alel k ukazatelům užitkovosti. Ke statistickému vyhodnocení použijete vhodné metody a programové balíky.
Provedete interpretaci zjištěných výsledků.
Zásady pro vypracování
V zootechnickém výzkumu je značná pozornost věnována studiu major genů s cílem využít získané znalosti ve šlechtění. Čelné místo zde zaujímají polymorfní geny ovlivňující produkční i reprodukční vlastnosti skotu.
Cílem je analyzovat potenciální vztah mezi polymorfními variantami a ekonomicky důležitými vlastnostmi, jako je dojivost, kvalita mléka, plodnost. Diplomová práce se bude týkat genotypizace kandidátního lokusu.
Cílem diplomové práce je provést genotypizaci kandidátního lokusu s potenciálním vztahem k mléčné užitkovosti krav v ČR.
Zavedete metodiku pro laboratorní analýzu lokusu a v návaznosti provedete genotypizaci panelu krav. Výběr lokusu provede vedoucí práce v závislosti na aktuální potřebě školitelského pracoviště tak, aby výsledky
bylo možné použít jako součást komplexní analýzy. Provedete asociační analýzu vztahu genotypu resp. alel k ukazatelům užitkovosti. Ke statistickému vyhodnocení použijete vhodné metody a programové balíky.
Provedete interpretaci zjištěných výsledků.
Seznam doporučené literatury
Fontanesi L., Scotti E., Samore A. B., Bagnato A., Russo V. (2015): Association of 20 candidate gene markers with milk production and composition traits in sires of Reggiana breed, a local dairy cattle population. Livestock Science, 176, 14-21.
DOI: 10.1016/j.livsci.2015.03.022
Elsik C. G., Tellam R. L., Worley K. C. (2009): The Genome Sequence of Taurine Cattle: A Window to Ruminant Biology and Evolution. Science, 324, 522-528.
Oikonomou G., Michailidis G., Kougioumtzis A., Avdi M., Banos, G. (2011): Effect of polymorphisms at the STAT5A and FGF2 gene loci on reproduction, milk yield and lameness of Holstein cows. Research
Veterinary Science, 91, 235-239. DOI: 10.1016/j.rvsc.2011.01.009
Seznam doporučené literatury
Fontanesi L., Scotti E., Samore A. B., Bagnato A., Russo V. (2015): Association of 20 candidate gene markers with milk production and composition traits in sires of Reggiana breed, a local dairy cattle population. Livestock Science, 176, 14-21.
DOI: 10.1016/j.livsci.2015.03.022
Elsik C. G., Tellam R. L., Worley K. C. (2009): The Genome Sequence of Taurine Cattle: A Window to Ruminant Biology and Evolution. Science, 324, 522-528.
Oikonomou G., Michailidis G., Kougioumtzis A., Avdi M., Banos, G. (2011): Effect of polymorphisms at the STAT5A and FGF2 gene loci on reproduction, milk yield and lameness of Holstein cows. Research
Veterinary Science, 91, 235-239. DOI: 10.1016/j.rvsc.2011.01.009