Tato bakalářká práce se zabývá metodou array CGH (array Comparativ Genomic Hybridization - komparativní genomová hybridizace na čipech) a jejím využití v genetické diagnostice, a to jak prenatální tak i postnatální. Metoda slouží k určení aberantních míst, tedy chromozomových oblastí, ve kterých došlo ke změně počtu kopií sekvencí DNA. Lokalizace aberantních míst není předem známa, jedná se tedy o celogenomový screening. Metoda se používá při podezření na výskyt mikrodelečního či mikroduplikačního syndromu. Také je ji možno použít v případech pacientů, u kterých se projevují patologické fenotypové změny, ale jiné metody změnu genetické výbavy neprokázaly.
Bakalářská práce se zaměřuje na stanovení diagnózy v prenatálním období a také na stanovení příčiny patologických projevů v postnatální diagnostice. Nejprve práce probírá postupy v klinické cytogenetice a poté se zabývá submikroskopickými změnami. Práce dále popisuje metodou array CGH, vysvětluje její princip, využití, vyhodnocení a interpretaci jejích výsledků. V poslední části práce statisticky vyhodnocuje data array CGH získaná na oddělení OLG Thomayerovy nemocnice v období 8/18 - 3/19.
Metoda array CGH může sloužit k doplnění rutinně prováděných cytogenetických vyšetření, umožňuje získat podrobnější informace o genetickém materiálu jedince, lze vyšetřit množství mikodelečních či mikroduplikačních syndromů. Na základě výsledků může být přesně stanovena diagnóza i prognóza pacientů.
Anotace v angličtině
This thesis addresses array CGH method (Comparative Genomic Hybridization on microarrays) and its use inprenatal and postnatal genetic diagnosis. The method used was to determine the chromosomal areas in which the number of copies of DNA sequences had changed. Localizations of the aberrations sites are not known in advance; the issue is that of all genomic screening. The method is used in suspected cases of microdeletion and microduplication syndromes. It may also be used in cases of patients with pathological phenotypic changes, but other methods have shown no change in genetic makeup.
This thesis focuses on diagnosis in the prenatal period and investigates the causes of pathological symptoms in the postnatal diagnosis. Firstly, this thesis describes procedures in clinical cytogenetics and then it discusses submicroscopic changes. Secondly, the thesis looks into the array CGH method, explains its procedure and use, and evaluates and interpretates its results. Finally, the work statistically evaluates the array CGH data procured in the OLG department in Thomayrova hospital from 8/ 8 to 3/19.
The array CGH method may be used to supplement routinely administered cytogenetic tests. It enables specialists to obtain more detailed information about the genetic material of an individual and examine the frequency of microdeletion and microduplication syndromes. The diagnosis and prognosis of patients may be determined based on the results.
Tato bakalářká práce se zabývá metodou array CGH (array Comparativ Genomic Hybridization - komparativní genomová hybridizace na čipech) a jejím využití v genetické diagnostice, a to jak prenatální tak i postnatální. Metoda slouží k určení aberantních míst, tedy chromozomových oblastí, ve kterých došlo ke změně počtu kopií sekvencí DNA. Lokalizace aberantních míst není předem známa, jedná se tedy o celogenomový screening. Metoda se používá při podezření na výskyt mikrodelečního či mikroduplikačního syndromu. Také je ji možno použít v případech pacientů, u kterých se projevují patologické fenotypové změny, ale jiné metody změnu genetické výbavy neprokázaly.
Bakalářská práce se zaměřuje na stanovení diagnózy v prenatálním období a také na stanovení příčiny patologických projevů v postnatální diagnostice. Nejprve práce probírá postupy v klinické cytogenetice a poté se zabývá submikroskopickými změnami. Práce dále popisuje metodou array CGH, vysvětluje její princip, využití, vyhodnocení a interpretaci jejích výsledků. V poslední části práce statisticky vyhodnocuje data array CGH získaná na oddělení OLG Thomayerovy nemocnice v období 8/18 - 3/19.
Metoda array CGH může sloužit k doplnění rutinně prováděných cytogenetických vyšetření, umožňuje získat podrobnější informace o genetickém materiálu jedince, lze vyšetřit množství mikodelečních či mikroduplikačních syndromů. Na základě výsledků může být přesně stanovena diagnóza i prognóza pacientů.
Anotace v angličtině
This thesis addresses array CGH method (Comparative Genomic Hybridization on microarrays) and its use inprenatal and postnatal genetic diagnosis. The method used was to determine the chromosomal areas in which the number of copies of DNA sequences had changed. Localizations of the aberrations sites are not known in advance; the issue is that of all genomic screening. The method is used in suspected cases of microdeletion and microduplication syndromes. It may also be used in cases of patients with pathological phenotypic changes, but other methods have shown no change in genetic makeup.
This thesis focuses on diagnosis in the prenatal period and investigates the causes of pathological symptoms in the postnatal diagnosis. Firstly, this thesis describes procedures in clinical cytogenetics and then it discusses submicroscopic changes. Secondly, the thesis looks into the array CGH method, explains its procedure and use, and evaluates and interpretates its results. Finally, the work statistically evaluates the array CGH data procured in the OLG department in Thomayrova hospital from 8/ 8 to 3/19.
The array CGH method may be used to supplement routinely administered cytogenetic tests. It enables specialists to obtain more detailed information about the genetic material of an individual and examine the frequency of microdeletion and microduplication syndromes. The diagnosis and prognosis of patients may be determined based on the results.
1.Současný stav:
Kromě klasických cytogenetických metod se v současné době stále více přistupuje ke stanovení chromozomálních aberací čipovými metodami. K jejich zvýšenému využívání přispělo zejména snížení jejich ceny a zjednodušení pracovních protokolů. Výhodou je detekce aberací velmi malého rozsahu. Díky těmto metodám se podaří objasnit genetické příčiny patologických fenotypů.
2.Metodika: Bude použita metoda arrayCGH, platforma Agilent, čipy SurePrint G3 ISCA V2 CGH 8x60K.
- izolace DNA pomocí komerčně dodávaných kitů
- fluorescenční značení genomických DNA pacientů a referenčních DNA pomocí komerčně dodávaných kitů
- společná hybridizace naznačených DNA na oligonukleotidovém čipu
- odmytí, skenování a hodnocení získaných výsledků
- statistické vyhodnocení dat array získaných na oddělení OLG Thomayerovy nemocnice za období 10/18-3/19
3.Cíl práce:
Laboratorní práce - metoda arrayCGH, cca 16 vzorků
Vyhodnocení získaných výsledků
Hodnocení a klasifikace nalezených CNV (změny v počtu kopií)
Statistické hodnocení nálezů
Zásady pro vypracování
1.Současný stav:
Kromě klasických cytogenetických metod se v současné době stále více přistupuje ke stanovení chromozomálních aberací čipovými metodami. K jejich zvýšenému využívání přispělo zejména snížení jejich ceny a zjednodušení pracovních protokolů. Výhodou je detekce aberací velmi malého rozsahu. Díky těmto metodám se podaří objasnit genetické příčiny patologických fenotypů.
2.Metodika: Bude použita metoda arrayCGH, platforma Agilent, čipy SurePrint G3 ISCA V2 CGH 8x60K.
- izolace DNA pomocí komerčně dodávaných kitů
- fluorescenční značení genomických DNA pacientů a referenčních DNA pomocí komerčně dodávaných kitů
- společná hybridizace naznačených DNA na oligonukleotidovém čipu
- odmytí, skenování a hodnocení získaných výsledků
- statistické vyhodnocení dat array získaných na oddělení OLG Thomayerovy nemocnice za období 10/18-3/19
3.Cíl práce:
Laboratorní práce - metoda arrayCGH, cca 16 vzorků
Vyhodnocení získaných výsledků
Hodnocení a klasifikace nalezených CNV (změny v počtu kopií)
Statistické hodnocení nálezů
Seznam doporučené literatury
BANERJEE, Diponkar a Sohrab P. SHAH. Array comparative genomic hybridization: protocols and applications. New York: Humana Press, c2013. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), v. 973. ISBN 1627032800.
KOČÁREK, Eduard, Martin PÁNEK a Drahuše NOVOTNÁ. Klinická cytogenetika I.: úvod do klinické cytogenetiky : vyšetřovací metody v klinické cytogenetice. 2., upr. vyd. Praha: Karolinum, 2010. ISBN 978-80-246-1880-7.
MICHALOVÁ, Kyra. Úvod do lidské cytogenetiky. Brno: Institut pro další vzdělávání pracovníků ve zdravotnictví, 1999. ISBN 80-7013-281-7.
SHAFFER, Lisa G., Jean MCGOWAN-JORDAN a M. SCHMID. ISCN 2013: an international system for human cytogenetic nomenclature (2013). Basel: Karger, c2013. ISBN 9783318022537.
Seznam doporučené literatury
BANERJEE, Diponkar a Sohrab P. SHAH. Array comparative genomic hybridization: protocols and applications. New York: Humana Press, c2013. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), v. 973. ISBN 1627032800.
KOČÁREK, Eduard, Martin PÁNEK a Drahuše NOVOTNÁ. Klinická cytogenetika I.: úvod do klinické cytogenetiky : vyšetřovací metody v klinické cytogenetice. 2., upr. vyd. Praha: Karolinum, 2010. ISBN 978-80-246-1880-7.
MICHALOVÁ, Kyra. Úvod do lidské cytogenetiky. Brno: Institut pro další vzdělávání pracovníků ve zdravotnictví, 1999. ISBN 80-7013-281-7.
SHAFFER, Lisa G., Jean MCGOWAN-JORDAN a M. SCHMID. ISCN 2013: an international system for human cytogenetic nomenclature (2013). Basel: Karger, c2013. ISBN 9783318022537.