|
Vyučující
|
-
Choma Michal, RNDr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Obsah přednášky - úvod do DNA (chemické vlastnosti makromolekul, molekulárně biologické pozadí, přehled používaných metod) - získávání eDNA (zdroje eDNA, odběr vzorků, izolace) - příprava DNA (PCR, primery) - qPCR, dPCR, genová exprese - sekvenování - přehled všech generací, důraz na NGS, fingerprintové techniky (PCR-RFLP, ARISA, t-RFLP, DGGE/TGGE) - amplikonové studie, metagenomika, metatranskriptomika, metaproteomika - bioinformatika - základní postupy a nástroje, jejich principy, databáze, interpretace dat - využití eDNA terestrické ekosystémy + rostliny + směsné vzorky - využití eDNA vodní ekosystémy + živočichové + analýza potravy
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Práce s textem (učebnicí, knihou), Práce s multimediálními zdroji (texty, internet, IT technologie), Případová studie
- Účast na výuce
- 28 hodin za semestr
- Semestrální práce
- 8 hodin za semestr
- Příprava na zkoušku
- 16 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Seznámit studenty se základy a principy studia environmentální DNA a následného využití ve vědě a praxi. Důraz je kladen na pochopení principů metod a schématu jednotlivých kroků.
Kurz je koncipován jako úvod do problematiky. Očekává se, že po jeho absolvování bude student schopen orientace v metodách studia eDNA, znát postupy, předpoklady, výhody a nevýhody jednotlivých metod tak, aby dokázat porozumět a kriticky zhodnotit jejich výstupy.
|
|
Předpoklady
|
Vhodné především pro studenty PŽP, biologie, bioinformatiky. U studentů se předpokládají základní znalosti genetiky min. na středoškolské úrovni.
KBE/521
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Kombinovaná zkouška
Před zkouškou je student povinen přednést kritický rozbor publikované práce využívající studium eDNA dle vlastního výběru, ideálně z oboru blízkého jeho zaměření či kvalifikační práce. Během rozboru zhodnotí adekvátnost metod použitých autory a zváží další možné alternativy a diskutuje, jestli by jejich potencionální použití vedlo ke zkvalitnění rozebírané studie.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Taberlet, Pierre; Bonin, Aurélie,; Zinger, Lucie,; Coissac, Eric. Environmental DNA : for biodiversity research and monitoring. First edition. Oxford : Oxford University Press, 2018. ISBN 978-0-19-876728-2.
|