|
Vyučující
|
-
Bárta Jiří, doc. Ing. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Content of lectures: 1. Specifity of DNA/RNA isolation from soil and water ecosystems 2. PCR amplification of spec. regions DNA of Bacteria and Archaea 3. Online databases (RDP, GenBank, SILVA) 4. DGGE/TGGE - fingerprinting of microbial communities 5. qPCR -quantitative PCR (absolute quantification of selected genes) 6. EEA - extracellular enzyme activities - connection with decomposition of organic matter Content of practicals 1. DNA/RNA isolation from soil and water ecosystems 2. PCR amplification of spec. regions DNA of Bacteria and Archaea 3. DGGE - fingerprinting of microbial communities 4. qPCR -quantitative PCR (absolute quantification of selected genes) 5. EEA - measuring of extracellular enzyme using MUP-substratets
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Praktická výuka
- Domácí příprava na výuku
- 20 hodin za semestr
- Semestrální práce
- 20 hodin za semestr
- Příprava na zkoušku
- 20 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem předmětu je uvést studenty do molekulárních metod, které umožňují studium obrovské diversity mikrobiálních společenstev
Znalost základních molekulárně-biologických metod v mikrobiální ekologii
|
|
Předpoklady
|
znalost obecné genetiky a molekulární biologie
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Test, Vypracování laboratorních protokolů
Zvládnutí základního učiva kurzu pro úspěšné složení zkoušky (minimálně 60 % správných odpovědí), vypracování individuálního protokolu, absolvování praktik
|
|
Doporučená literatura
|
-
Brock: Biology of Microorganisms 12. nebo 13. vydání (Madigan, Martinko, Dunlap, Clark).
-
Modern Soil Microbiology, 2. Edice (van Elsas, Jansson, Trevors).
-
R studio.
-
Arthur Lesk. Introduction to Bioinformatics. ISBN 0199651566.
|