|
Vyučující
|
-
Oborník Miroslav, prof. Ing. Dr.
-
Svoboda Petr, Mgr. DiS. et DiS.
|
|
Obsah předmětu
|
Zpracování konkrétních biologických dat, případně vytvoření bioinformatického nástroje pro zpracování dat nebo modifikace stávajícího, za účelem zpracování dat. Výstupem je Zpráva z projektu (Project report) ve formě manuskriptu obsahujícího abstrakt, úvod, metody, výsledky, diskuse. V ideálním případě je manuskript následně odeslán a publikován v mezinárodním vědeckém časopise.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Práce s textem (učebnicí, knihou), Laboratorní práce
- Domácí příprava na výuku
- 25 hodin za semestr
- Účast na výuce
- 150 hodin za semestr
- Semestrální práce
- 25 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Samostatný semestrální projekt ve spolupráci s biology v jejich laboratořích. Cílem je poskytnout studentům validní biologické zdroje dat, které mají vyhodnotit a transformovat je do užitečných struktur, které lze později využít pro vědecké účely.
Student by měl být schopen samostatně pracovat na řešení biologické otázky prostřednictvím bioinformatických dovedností, včetně úpravy bioinformatických nástrojů, případně takové nástroje vytvořit. Měl by být také schopen interpretovat výsledky analýz, které provedl, a sepsat rukopis vědeckého článku.
|
|
Předpoklady
|
absolvované kurzy: Introduction to Bioinformatics Python Basics Molecular Biology and Genetics Diversity of Life Introduction to Genomics
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Analýza výkonů studenta, Seminární práce
Výstup: Zpráva z projektu (Project Report), musí být schválen vedoucím práce a garantem
|
|
Doporučená literatura
|
-
A. M. Lesk: Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press, 3rd edition, 2008, 978-0199208043.
-
Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (2004) Wiley-Interscience, USA, 978-0471478782.
-
A. M. Lesk. Introduction to Genomics. New York, 2007. ISBN 978 0199296958.
-
J. Pevsner. Bioinformatics and Functional Genomics. New Jersey, USA, 2009. ISBN 978-0-470-08585-1.
|