Předmět: Methods of Functional Genomics

« Zpět
Název předmětu Methods of Functional Genomics
Kód předmětu KMB/217
Organizační forma výuky Přednáška
Úroveň předmětu Bakalářský
Rok studia 2
Četnost výuky V každém akademickém roce, jen v letním semestru.
Semestr Letní
Počet ECTS kreditů 5
Vyučovací jazyk angličtina
Statut předmětu Povinně-volitelný
Způsob výuky Kontaktní
Studijní praxe Nejedná se o pracovní stáž
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Chodáková Lenka, Mgr. Ph.D.
  • Beneš Vladimír, RNDr. CSc.
Obsah předmětu
Proteomika: Hmotnostní spektrometrie: k čemu slouží? Přístrojové vybavení pro MS Peptidový fingerprinting: identifikace proteinů pomocí MS Sekvenování peptidů pomocí MS Identifikace posttranslačních modifikací LC-MSMS a large-scale proteomika, včetně příkladů Značení stabilními izotopy a kvantitativní proteomika Analýza intaktních proteinů Hmotnostní spektrometrie jako objevitelský nástroj v proteomice Hmotnostní spektrometrie jako screeningový nástroj - od výzkumu ke klinice? Hmotnostní spektrometrie pro strukturní biologii Bioinformatika: Úvod: Co je bioinformatika: Biologové a bioinformatika. - Co bioinformatika umí - Co neumí - Současné výzvy pro bioinformatiku - Velikost dat, délka čtení Aplikace 1: Microarrays - Analýza - Normalizace - Návrh - Úložiště dat a mining Aplikace 2: Sekvenování nové generace - Rozsah aplikací - Analýza dat podle aplikací Průtoková cytometrie: Principy průtokové cytometrie Přehled technologií Testy, aplikace Genomika: Microarrays- přehled technologií a aplikací; Masivně paralelní sekvenování - přehled technologií & porovnání s microarrays Principy analýzy dat MPS Objevování a důsledky strukturních variant genomu qPCR - principy, aplikace, data. Technologie RNAi: Přehled o umlčovacích činidlech používaných v RNAi screenech. Návrh siRNA Transfekční metody používané pro RNAi Celogenomový RNAi screen k identifikaci genů pro dělení buněk jako příklad pro vysoce výkonné aplikace Ověřování výsledků RNAi

Studijní aktivity a metody výuky
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Nácvik pohybových a pracovních dovedností, Pracovní činnosti (dílny)
  • Domácí příprava na výuku - 120 hodin za semestr
  • Účast na výuce - 20 hodin za semestr
Výstupy z učení
Cílem předmětu je: a) poskytnout studentům ucelený přehled o současných metodách používaných ve funkční genomice s důrazem na jejich praktické aspekty; b) zvýšit povědomí studentů na příkladech z reálných vědeckých projektů o možnostech, které metody nabízejí pro řešení úloh, s nimiž se studenti mohou setkat při práci na své diplomové/diplomové práci.
Získání přehledu v moderních metodách zahrnující: Proteomics, transcriptomics, genomics,
Předpoklady
Základní znalosti buněčné a molekulární biologie. Speciální kurz doktorského studijního oboru Molekulární a buněčná biologie a genetika

Hodnoticí metody a kritéria
Test

Kurs je zakončen psanou zkouškou - testem (multiple-choice), který probíhá on-line. Minimální počet bodů pro splnění zkoušky je 50%.
Doporučená literatura
  • Ahrens CH, Brunner E, Qeli E, Basler K & Aebersold R: Generating and navigating proteome maps using mass spectrometry. Nature ReviewsMol Cell Bio (2010), 12, 789-801..
  • Erfle H, Neumann B, Rogers J, Bulkescher J, Ellenberg J and Pepperkok R: Work Flow for Multiplexing siRNA Assays by Solid-Phase Reverse Transfection in Multiwell Plates. J Biomol Screening (2008), 13, 575-80..
  • Gibson & Muse: A Primer of Genome Science, the 3rd edition (Sinauer Associates, 2009, ISBN 978-0-87893-236-8).
  • Han X, Aslanian A & Yates III JR: Mass spectrometry for proteomics. Current Opinion Chem Biol (2008), 12, 483-490..
  • Herzenberg LA, Parks D, Sahaf B, Perez O, Roederer M & Herzenberg LA: The history and future of fluoresence activated cell sorter and flow cytometry. Clinical Chemistry (2002), 48, 1819-1827..
  • Choudhary C & Mann M: Decoding signalling networks by mass-spectrometry-based proteomics. Nature ReviewsMol Cell Bio (2010), 12, 427-439..
  • Mann M: Functional and quantitative proteomics using SILAC. Nature ReviewsMol Cell Bio (2006), 7, 952-8..
  • Mardis ER: A decade's perspective on DNA sequencing technology. Nature (2011), 470, 198-203..
  • Medvedev P, Stanciu M, Brudno M: Computational Methods for Discovering Structural Variation with Next Generation Sequencing, Nature Methods (2009), 6:S13-S20, 2009..
  • Moffa J, Sabatini DM: Building mammalian signalling pathways with RNAi screens. Nature Reviews Mol Cell Bio (2006), 7, 177-87..
  • Neumann B, Walter T, Hériché JK, Bulkescher J, Erfle H, Conrad C, Rogers P, Poser I, Held M, Liebel U, Cetin C, Sieckmann F, Pau G, Kabbe R, Wünsche A, Satagopam V, Schmitz MH, Chapuis C, Gerlich DW, Schneider R, Eils R, Huber W, Peters JM, Hyman AA, Durbin R, Pepperkok R, Ellenberg J: Phenotypic profiling of the human genome by time-lapse microscopy reveals cell division genes. Nature (2010), 464, 721-7..


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru/specializace Doporučený ročník Doporučený semestr