|
Vyučující
|
-
Lazar Josef, Mgr. Ph.D.
-
Vancová Marie, RNDr. Ph.D.
-
Weyda František, doc. RNDr. CSc.
-
Sehadová Hana, Mgr. Ph.D.
-
Bondar Alexey, Mgr. Ph.D.
-
Fessl Tomáš, Mgr. Ph.D.
-
Podlahová Šárka, Mgr.
-
Krejčová Gabriela, RNDr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Obsah přednášky: 1) Úvod - historie mikroskopie, optická soustava, typy ojektivů, typy mikroskopů 2) Klasická světelná mikroskopie + Kellerova illuminace a kontrastní techniky - Nomarski kontrast (DIC), Hoffmanův kontrast (HMC), fázový kontrast, temné pole 3) Fluorescenční mikroskopie - princip, přehled fluoroforů, typy mikroskopů, využití 4) Konfokální mikroskopie - princip, typy mikroskopů, využití - FRAP, FRET, multifotonová a TIRF mikroskopie 5) Superrezoluční techniky - PALM, STORM, STED, SIM, Airy scan 6) Luminiscenční mikroskopie - princip, využití 7) Způsob detekce světelného signálu - princip CCD a EM-CCD kamer, fotonásobičů, objasnění pojmů HDR, dekonvoluce 8) Vhled do elektronové mikroskopie (Ing. Jana Nebesářová, CSc.) 9) Techniky makrofotografie (Doc. RNDr. František Weyda, CSc.) 10) Analýza obrazu_1 - program Adobe Photoshop 11) Analýza obrazu_2 - program FIJI (ImageJ) 12) Analýza obrazu_3 - program IMARIS a XuvStitch Obsah cvičení: 1) Praktická ukázka seřízení mikroskopu (Kellerova illuminace, Nomarski kontrast) - (Mikroskopická učebna JU) 2) Ukázka práce na fluorescenčním mikroskopu - (Středisko mikroskopie a histologie ENTU) 3) Ukázka práce na konfokálním mikroskopu - (Středisko mikroskopie a histologie ENTU) 4) Exkurse do firmy Olympus (Praha) nebo demonstrace mikroskopů v prostorách JU 5) Ukázka práce na luminiscenčním mikroskopu - (Středisko mikroskopie a histologie ENTU) 6) Exkurse do Laboratoře elektronové mikroskopie 7) Ukázka zhotovení makrofotografie 8) Analýza obrazu v programu Adobe Photoshop_část 1 - (Počítačová učebna JU) 9) Analýza obrazu v programu Adobe Photoshop_část 2 - (Počítačová učebna JU) 10) Analýza obrazu v programu Adobe Photoshop_část 3 - (Počítačová učebna JU) 11) Analýza obrazu v programu FIJI (ImageJ) - (Počítačová učebna JU) 12) Ukázka práce v programu IMARIS - (Středisko mikroskopie a histologie ENTU)
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Pozorování, Demonstrace, Exkurze, Práce s multimediálními zdroji (texty, internet, IT technologie), Praktická výuka
- Domácí příprava na výuku
- 30 hodin za semestr
- Účast na výuce
- 50 hodin za semestr
- Exkurze
- 5 hodin za semestr
- Příprava na zápočet
- 20 hodin za semestr
- Příprava na zkoušku
- 40 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Studenti se seznámí s principy základních mikroskopických technik a osvojí si metody zpracování obrazu biologického materiálu pro publikační účely.
Studenti se seznámí se základy práce s klasickým světelným, fluorescenčním a konfokálním mikroskopem, bioluminiscenčním mikroskopem a s principy superrezoluční a elektronové mikroskopie. Formou exkurzí budou obeznámeni i se speciálními mikroskopy, které nejsou běžně dostupné a získají tak ucelenou představu o úrovni současné mikroskopie. Prakticky se naučí seřídit světelnou dráhu a kontrast u různých typů mikroskopů tak, aby mohli samostatně ovládat jakýkoli klasický a fluorescenční mikroskop. Studenti by měli být schopni zvolit vhodnou mikroskopickou metodu pro vizualizace rozličných biologických objektů. Dále se seznámí se základními softwary pro zpracování digitální obrazové dokumentace a osvojí si práci se softwarem Adobe Photoshop.
|
|
Předpoklady
|
Předmět uvádí do dané problematiky, nepředpokládá specifické vstupní znalosti
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška, Analýza výkonů studenta, Systematické pozorování studenta, Test
Požadavky na zápočet: 1) účast na praktických cvičeních (maximálně jedna absence) 2) samostatné seřízení klasické světelné a fluorescenční dráhy u vybraného mikroskopu 3) úspěšné složení zápočtového testu Požadavky k ústní zkoušce: 1) složení zápočtu
|
|
Doporučená literatura
|
-
http://olympus.magnet.fsu.edu/primer/techniques/confocal/applications/fretintro.html.
-
http://olympus.magnet.fsu.edu/primer/techniques/confocal/index.html.
-
http://olympus.magnet.fsu.edu/primer/techniques/fluorescence/fluorhome.html.
-
https://www.microscopyu.com/techniques/confocal.
-
https://www.microscopyu.com/techniques/fluorescence.
-
Nathan S. Claxton, Thomas J. Fellers, and Michael W. Davidson Laser Scanning Confocal Microscopy.
|