|
Vyučující
|
-
Moos Martin, Ing. Ph.D.
-
Bittová Lenka, Mgr. Ph.D.
-
Šauman Ivo, prof. RNDr. Ph.D.
-
Korytář Tomáš, Mgr. Ph.D.
-
Dalíková Martina, RNDr. Ph.D.
-
Gahurová Lenka, Mgr. Ph.D.
-
Doležal Tomáš, doc. Mgr. Ph.D.
-
Mozgová Iva, Mgr. Ph.D.
-
Panicucci Zíková Alena, doc. RNDr. Ph.D.
-
Nguyen Petr, RNDr. Ph.D.
-
Hospodářská Monika, Mgr.
-
Chodáková Lenka, Mgr. Ph.D.
-
Bajgar Adam, Mgr. Ph.D.
-
Bruce Alexander William, prof. Ph.D.
-
Sehadová Hana, Mgr. Ph.D.
-
Krejčová Gabriela, Mgr.
-
Bohuslavová Martina, Mgr.
-
Collier Rebecca, MSc.
-
Kunzová Michaela, Mgr.
-
Jindra Marek, prof. RNDr. CSc.
-
Fencková Michaela, Mgr. Ph.D.
-
Podlahová Šárka, Mgr.
-
Hrubá Monika, Mgr.
-
Tůmová Šárka
|
|
Obsah předmětu
|
Obsah přednášky: 1. Pokročilé genetické nástroje v drozofilím modelu 2. Analýza proteinové exprese, Western blotting 3. Tagování proteinů a proteomika 4. Imunohistochemie a produkce protilátek 5. Transfekce buněk, buněčné kultury 6. Cílená mutageneze, CRISPR / Cas9 7. Next generation sequencing - sestavení genomu a srovnání 8. Next generation sequencing v genové expresi a epigenetice 9. 13C-biologie a metabolomika ¨ 10. Průtoková cytometrie a cell sorter Obsah cvičení: Studenti vyberou 2-3 z uvedených praktických metod: 1. Analýza exprese qPCR (Adam Bajgar) 2. Pokročilá genetika drozofily - tvorba a analýza mitotických klonů (Tomáš Doležal) 3. Systémová RNAinterference u hmyzu (David Doležel) 4. Mikroinjekce a imunofluorescenční barvení myších embryí (Alexander Bruce) 5. Fluorescenční in situ hybridizace (Petr Nguyen) 6. Průtoková cytometrie a cell sorter (Tomáš Korytář) 7. Detekce modifikací RNA afinitní gelovou elektroforézou (Zdeněk Paris) 8. 2D nativní / SDS elektroforéza kombinovaná s imunodetekcí (Roman Sobotka) 9. Exprese a purifikace proteinů označených His tagem (Roman Sobotka) 10. Klasické histologické techniky a světelná mikroskopie (Hana Sehadová) 11. Detekce respiračních komplexů s vysokou molekulovou hmotností pomocí nativní PAGE a následné analýzy western blotem (Alena Zíková) 12. Měření mitochondriálního dýchání pomocí vysokorozlišovací respirometrie (HRR) pomocí O2k-FluoRespirometru (Eva Doleželová) 13. Western blot v hmyzích tkáních a buněčných liniích (Marek Jindra) 14. Zpracování dat Next generation sequencing (Petr Nguyen) 15. Příprava knihovny pro RNAseq a analýza dat (Lenka Gahurová, Iva Mozgová) 16. Transfekce hmyzích buněčných linií (Michal Žurovec)
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Pozorování, Demonstrace, Laboratorní práce, Pokus
- Domácí příprava na výuku
- 75 hodin za semestr
- Účast na výuce
- 95 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem tohoto kurzu je představit moderní a pokročilé metody molekulárního výzkumu se zaměřením na metody, které jsou aplikované v jednotlivých odvětví experimentálního výzkumu. Tento předmět je určen studentům, kteří již mají poměrně dobrou představu o základních metodách molekulární biologie.
Absolvent tohoto kurzu by měl rozumět na detailnější bázi většině metod molekulární biologie a jejich širokému využití i v jiných, než vědeckých odvětvích. Absolvent by měl být schopný samostatně přistupovat k výběru metod potřebných k řešení daných biologických otázek. Absolventi by měli být schopni poradit metodicky i studentům jiných než molekulárně-biologických odvětví jaké metody použít, jaké jsou výhody a rizika těchto přístupů.
|
|
Předpoklady
|
Student by měl mít dobrou představu o celém spektru molekulárních metod a jejich principiálnímu používání. Měl by být obeznámen s fungováním buňky a základy molekulární, vývojové biologie a genetiky. Schopnost samostatného myšlení, motivace sám se něco nového naučit, principiální znalost metod probíraných v kurzu Základní metody molekulární biologie KMB 608.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Písemná zkouška, Vypracování laboratorních protokolů
Pro úspěšné absolvování kurzu je třeba vypracovat správně písemný test min. na 50% a je nutné se zúčastnit 2 vybraných praktik v plném rozsahu a vypracovat z nich protokoly dle instrukcí konkrétního vedoucího praktika.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Sambrook, J., Fritsch, E. J. and Maniatis, T. (1989) Molecular Cloning, A Laboratory Manual (2. vyd. ), Cold Spring Harbor Press..
-
Ochrana František. Methodology of science : an introduction.
-
ONLINE zdroje. ONLINE MATERIÁLY.
|