| Název předmětu | Bioinformatics for Biologists |
|---|---|
| Kód předmětu | KMB/613 |
| Organizační forma výuky | Přednáška + Cvičení |
| Úroveň předmětu | Doktorský |
| Rok studia | nespecifikován |
| Četnost výuky | V každém akademickém roce, jen v zimním semestru. |
| Semestr | Zimní |
| Počet ECTS kreditů | 6 |
| Vyučovací jazyk | angličtina |
| Statut předmětu | Povinně-volitelný |
| Způsob výuky | Kontaktní |
| Studijní praxe | Nejedná se o pracovní stáž |
| Doporučené volitelné součásti programu | Není |
| Vyučující |
|---|
|
| Obsah předmětu |
|
Obsah přednášky: 1. Co je bioinformatika, řešené úlohy, druhy biologických dat, úvod do databází 2. Databáze, struktura databází, přehled nejdůležitějších biologických databází a online služeb, NCBI, EMBL-EBI, infrastruktura ELIXIR 3. DNA a proteinové sekvence, alignment sekvenci, pairwise alignment, multiple alignment 4. Pozičně specifické substituční matice, profily a skryté Markovovy modely, PSI-BLAST 5. Prohledávání sekvenčních databází, NCBI blast 6. Sekvenování DNA, assembly, genome assembly, contig, scaffold, sekvenování nové generace 7. Organizace a evoluce genomu, anotace genomů, predikce genů, komparativni genomika 8. Analýza genové exprese, microarrays, RNA-Seq, ChiP-Seq, EST 9. Genové a jiné ontologie, signální dráhy 10. Molekulární fylogenetická analýza 11. "omics" data, high-throughput technologie, zpracování velkých dat, shlukovací algoritmy 12. Strukturní bioinformatika - analýza proteinových struktur - povrch, náboj, konzervovanost, motivy, predikce funkce proteinů 13. Strukturní bioinformatika, predikce 3D struktur, ab initio, homologní modelování, databáze proteinových struktur 14. Molekulární interakce, docking, virtual screening - vyhledávání a optimalizace léků Obsah cvičení: Praktické používání bioinformatických metod a programů které byly předmětem přednášek
|
| Studijní aktivity a metody výuky |
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Demonstrace, Laboratorní práce, E-learning
|
| Výstupy z učení |
|
Cílem předmětu je v bakalářském, případně magisterském stupni studia seznámit studenty napříč biologickými obory se základními bioinformatickými přístupy a nástroji, se základními typy analýz biologických dat, prací s databázemi a bioinformatickým softwarem.
Studenti by po absolvování předmětu budou rozmnět jak zpracovávat a interpretovat experimentálně získaná molekulárně biologická data, získavat a využívat data z biologických databází. |
| Předpoklady |
|
Základy molekulární biologie a genetiky KMB/023 KMB/250
|
| Hodnoticí metody a kritéria |
|
Ústní zkouška, Rozbor produktů pracovní činnosti studenta (technické práce), Test
Požadavky na zápočet: 1) účast na praktických cvičeních (maximálně jedna absence) 2) předložení vypracovaných jednotlivých praktických cvičení 3) úspěšné složení zápočtového testu (Student musí dosáhnout minimálně 50% skóre) Požadavky k ústní zkoušce: 1) složení zápočtu |
| Doporučená literatura |
|
| Studijní plány, ve kterých se předmět nachází |
| Fakulta | Studijní plán (Verze) | Kategorie studijního oboru/specializace | Doporučený semestr | |
|---|---|---|---|---|
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Botanika (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Experimentální biologie - specializace Molekulární a buněčná biologie a genetika (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Hydrobiologie (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Molecular and Cell Biology and Genetics (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Fyziologie a vývojová biologie (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Molekulární a buněčná biologie a genetika (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Fyziologie a vývojová biologie (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Infection Biology (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Botanika (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Infekční biologie (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Infekční biologie (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Hydrobiology (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Botany (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Physiology and Developmental Biology (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Molecular and Cell Biology and Genetics (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Molekulární a buněčná biologie a genetika (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Botany (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Physiology and Developmental Biology (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Hydrobiologie (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: - |