|
Vyučující
|
-
Nováková Eva, doc. RNDr. Ph.D.
-
Rodriguez Ruano Sonia Maria, Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Obsahem teoretické a praktické části kurzu jsou následující témata: 1. Původ a evoluce života 2. Mikrobiální diversita 3. Bakteriální symbióza 4. Úvod do mikrobiální genomiky 5. Molekulární nástroje mikrobiální ekologie 6-7. High-throughput technologies: '-omic' éra 8-9. Amplikonové sekvenování a mikrobiomové profily 10-11. Genomika: rekonstrukce genomových sekvencí, anotace a komparativní genomika 12-13. Funční genomika: transcriptomika a proteomika 14. Možné aplikace v biotechnologiích a konservační biologii
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Práce s multimediálními zdroji (texty, internet, IT technologie), Praktická výuka, Případová studie
- Účast na výuce
- 26 hodin za semestr
- Domácí příprava na výuku
- 50 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem kurzu je seznámit studenty s teoretickými základy mikrobiální ekologie a bioinformatickými nástroji tohoto oboru.
Studenti si osvojí znalost nejnovějších metod a teoretických konceptů mikrobiální ekologie a genomiky bakterií.
|
|
Předpoklady
|
Předmět nemá žádné povinné prerekvizity. Výhodou je pro studenty absolvování přednášek zaměřených na molekulární biologii a genomiku, např. Introduction to Genomics.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška, Analýza výkonů studenta
Úspěšné zvládnutí kurzu podmiňují: 1. Aktivní zapojení do diskuze v rámci jednotlivých přednášek a cvičeních 2. Prokazatelné zvládnutí práce s bioinformatickými nástroji pro genomické a mikrobiomové analýzy 3. Úspěšné zodpovězení alespoň 60% otázek u ústní zkoušky
|
|
Doporučená literatura
|
-
" DeLong EF, Pace NR (2001). Environmental diversity of Bacteria and Archaea. Systematic Biology 50: 470-478. doi: 10.1080/10635150118513.
-
" Moran NA (2006). Symbiosis. Current Biology 16: R866-R871. doi: 10.1016/j.cub.2006.09.019.
-
" Navas-Molina JA, Peralta-Sánchez JM, González A, et al (2013) Chapter Nineteen - Advancing our understanding of the human microbiome using QIIME. In: DeLong EF (ed) Methods in Enzymology. Academic Press, pp 371-444.
-
" Preheim SP, Perrotta AR, Friedman J, et al (2013) Chapter Eighteen - Computational methods for high-throughput comparative analyses of natural microbial communities. In: DeLong EF (ed) Methods in Enzymology. Academic Press, pp 353-370.
-
" Sharpton TJ (2014). An introduction to the analysis of shotgun metagenomic data. Frontiers in Plant Science 5: 209. doi: 10.3389/fpls.2014.00209.
-
" Xu J (2006). Microbial ecology in the age of genomics and metagenomics: Concepts, tools, and recent advances. Molecular Ecology 15: 1713-1731. doi: 10.1111/j.1365-294X.2006.02882.x.
|