|
Vyučující
|
-
Nováková Eva, doc. RNDr. Ph.D.
-
Hypša Václav, prof. RNDr. CSc.
|
|
Obsah předmětu
|
Obsahem teoretické a praktické části kurzu jsou následující témata: -vlastnosti a informativnost molekulárních dat -Maximální parsimonie -modely molekulární evoluce -distanční metody -Maximum likelihood -Bayesianská pravděpodobnost -alignmenty a matice -fylogenetika na populační úrovni: vnitrodruhové genealogie a koalescence -fylogeografie a koevoluce -alternativní přístupy a zdroje dat v molekulární fylogenetice
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Skupinová výuka
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem kurzu je seznámit posluchače se základními metodami a technikami molekulární fylogenetiky a s využitím molekulárně biologických dat v systematice a navazujících biologických oborech.
Studenti jsou seznámeni se základy využití metod a konceptů molekulární fylogenetiky v kontextu ostatních biologických disciplín. Zvyšuje se tak jejich způsobilost při řešení širokého spektra ekologických a evolučních otázek v širokém spektru biologických oborů.
|
|
Předpoklady
|
Předmět nemá žádné povinné prerekvizity, je úvodem do tématu. Pro jeho pochopení je výhodou absolvování a znalost některé ze systematických, či evolučních přednášek.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Analýza výkonů studenta
Úspěšné zvládnutí kurzu podmiňují: 1. Aktivní zapojení do diskuze v rámci jednotlivých přednášek 2. Aktivní účast na cvičeních a prokazatelné zvládnutí práce se softwary pro fylogenetické analýzy 3. Písemnáí zkouška látky probírané v kurzu: Student skládá písemnou zkoušku zahrnující otázky ze všech jednotlivých kapitol. Požadavkem nutným ke splnění zkoušky je alespoň částečné zodpovězení (tedy do úrovně klasifikačního stupně 3) nadpoloviční většiny otázek.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Felsenstein, Joseph. Inferring phylogenies. Sunderland : Sinauer Associates, 2004. ISBN 0-87893-177-5.
-
M. Nei and S. Kumar. Molecular Evolution and Phylogenetics.. Oxford University Press, 2000. ISBN 0-19-513585-7.
|