| Název předmětu | Molekulární metody v zoologii II |
|---|---|
| Kód předmětu | KZO/104 |
| Organizační forma výuky | Přednáška + Cvičení |
| Úroveň předmětu | Doktorský |
| Rok studia | nespecifikován |
| Četnost výuky | V každém akademickém roce, jen v zimním semestru. |
| Semestr | Zimní |
| Počet ECTS kreditů | 5 |
| Vyučovací jazyk | čeština, angličtina |
| Statut předmětu | Povinně-volitelný |
| Způsob výuky | Kontaktní |
| Studijní praxe | Nejedná se o pracovní stáž |
| Doporučené volitelné součásti programu | Není |
| Vyučující |
|---|
|
| Obsah předmětu |
|
Obsah přednášky: Kurz zahrnuje výuku pokročilých molekulárních metod aplikovaných v současném evolučním výzkumu. Na základě aktuálních zájmů a potřeb studentů nabízí alternativně dva výukové bloky zaměřené na RAD genotypování a na NGS sekvenování na platformě Oxford Nanopore. Těžištěm kurzu jsou praktická cvičení, která budou doplňována teoretickými přednáškami k danému tématu. Obsah cvičení: Blok A: RAD genotypování 1. RAD-techniky jako jedna z metod sekvenování redukované reprezentace genomu. Double-digest RAD, výhody a nevýhody. 2. Příprava ddRAD knihovny pro sekvenování na platformě Illumina. 3. Purifikační a separační techniky používané při přípravě NGS knihoven. Purifikace produktu na magnetických kuličkách. Separace na platformě E-gel. Velikostní selekce DNA na platformě Pippin. 4. Úvod do zpracování získaných ddRAD dat. Základní příkazy OS UNIX, spouštění úloh v Metacentru. Kvalitativní filtrace získaných sekvencí. Příprava vstupních dat a tvorba jednoduchých skriptů pro spouštění programu Stacks. Generování SNP datasetů a úprava výsledné matice. Blok B: Sekvenování na platformě Oxford Nanopore Technologies (ONT) 1. Technologie nanopórového sekvenování na platformě ONT, přehled systémů. 2. Příprava DNA knihovny pro celogenomové sekvenování (WGS) 3. Sekvenování na přístroji MinION. Vyhodnocování sekvenačního běhu v reálném čase. 4. 'Basecalling' - úvod. Primární analýza ONT dat.
|
| Studijní aktivity a metody výuky |
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Laboratorní práce
|
| Výstupy z učení |
|
Cílem předmětu je osvojení si základů vybraných pokročilých molekulárních technik užívaných v současném evolučním výzkumu.
Studenti si osvojí některé pokročilé molekulárně-biologické laboratorní techniky používané v zoologickém výzkumu jako je RAD-genotypování a/nebo sekvenování na platformě Oxford Nanopore. |
| Předpoklady |
|
Nejsou požadavky na předchozí laboratorní praxi. Opakovaný zápis možný jen v případě alternativního výukového bloku.
|
| Hodnoticí metody a kritéria |
|
Systematické pozorování studenta
Vyžadována je 100% přítomnost a aktivní účast při cvičeních. |
| Doporučená literatura |
|
| Studijní plány, ve kterých se předmět nachází |
| Fakulta | Studijní plán (Verze) | Kategorie studijního oboru/specializace | Doporučený semestr | |
|---|---|---|---|---|
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Entomologie (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Entomologie (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Parazitologie (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Parazitologie (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Entomology (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Parasitology (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Zoology (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Zoologie (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Zoology (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Zoologie (1) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |