| Název předmětu | Zobrazovací metody v biofyzice |
|---|---|
| Kód předmětu | UCH/307 |
| Organizační forma výuky | Přednáška |
| Úroveň předmětu | Doktorský |
| Rok studia | nespecifikován |
| Četnost výuky | V akademických rocích začínajících sudým letopočtem (např. 2020/2021), jen v letním semestru |
| Semestr | Letní |
| Počet ECTS kreditů | 4 |
| Vyučovací jazyk | angličtina |
| Statut předmětu | nespecifikováno |
| Způsob výuky | Kontaktní |
| Studijní praxe | Nejedná se o pracovní stáž |
| Doporučené volitelné součásti programu | Není |
| Vyučující |
|---|
|
| Obsah předmětu |
|
1) Úvod do zobrazování, hlavní charakteristiky světla a ilustrace jeho použití v poznávání biologických mechanismů 2) Optické sestavy, a principy formování obrazu- zdroje světla komponenty, teleskop a mikroskop, světelné svazky, geometrická a Fourierovská optika, interference 3) Detekce světla- kvantová podstata světla, jednoduché a maticové detektory, časové rozlišení a citlivost 4) Mikroskopie- typy mikroskopů a osvětlení, řízení svazku a skenery, držáky vzorků a zobrazování buněk, kontrast - fázový, interference, Nomarski, fluorescence, reflexní zobrazování, zvětšení a rozlišení 5) Index lomu and holografie - zobrazování pomocí systému Nanolive 6) Fluorescenční mikroskopie- epifluorescence, konfokální, reflexe (TIR), zobrazování buněk- praktické příklady 7) FRET, FLIM, FCS, RICS a další fluktuační metody 8) Zobrazování za difrakčním limitem (super-resolution)- detekce jednotlivých molekul, PALM, STORM, SIM, STED, fotofyzika excitace, zpracování obrazu v prostoro-čase 9) Prostoro-časové sledování jednotlivých molekul - principy a implementace včetně nároků na biologický system 10) Spektrální zobrazování - Raman a IR 11) Nelineární metody- dvoufotonová excitace, CARS 12) Praktické základy zpracování obrazu
|
| Studijní aktivity a metody výuky |
Demonstrace, Laboratorní práce, E-learning, Práce s multimediálními zdroji (texty, internet, IT technologie), Blended learning
|
| Výstupy z učení |
|
Kurz uvede studenty do problematiky optického zobrazovaní biologických objektů. Teoretické poznatky budou ilustrovány na příkladech a pomocí laboratorních demonstrací a praktik.
|
| Předpoklady |
|
Základy fyziky a optiky na bakalářské úrovni, praktické znalosti užívání výpočetní techniky a technických programů, součástí kurzu je instalace a použití specializovaných produktů (OpticalRayTracer, Matlab, Fiji). Nejdůležitější je vůle aktivně řešit problémy. Vyuka je vedena v anglictine!
|
| Hodnoticí metody a kritéria |
|
Seminární práce, Vypracování laboratorních protokolů, Průběžné hodnocení
|
| Doporučená literatura |
|
| Studijní plány, ve kterých se předmět nachází |
| Fakulta | Studijní plán (Verze) | Kategorie studijního oboru/specializace | Doporučený semestr |
|---|