|
Vyučující
|
-
Předota Milan, doc. RNDr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Obsah přednášek: Pokročilé metody Neboltzmannovské vzorkování konfiguračního prostoru, Nosého termostat pro MD. Simulace nabitých a molekulárních systémů Metoda reakčního pole a Ewaldova sumace, simulace tuhých molekul, simulace molekul s vnitřními stupni volnosti, dynamika s vazbami. Fázové přechody a kritické jevy Výpočet entropických veličin, měření chemického potenciálu, metoda termodynamické integrace, Gibbsův soubor, výpočet fázové rovnováhy, určení kritické teploty. Nerovnovážné systémy blízko rovnováhy Metodika simulace nerovnovážných jevů, kinetické koeficienty, časové korelační funkce, Einsteinův vztah, nerovnovážná MD, kinetické MC - volba kinetiky, čas v kinetickém MC. Obsah cvičení: Řešení simulačních úloh na počítači v souladu s náplní přednášek.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Demonstrace, Aktivizující (simulace, hry, dramatizace)
- Domácí příprava na výuku
- 10 hodin za semestr
- Příprava na zkoušku
- 10 hodin za semestr
- Účast na výuce
- 28 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Pokročilé metody Monte Carlo a molekulární dynamiky, jejich aplikace na nabité a molekulární systémy, nerovnovážné simulace, určování fázových rovnováh.
Teoretické základy pokročilých simulačních technik, schopnost provádět nerovnovážné simulace v programu Gromacs
|
|
Předpoklady
|
Absolvování kurzu UFY/SIM1 nebo UFY/PFM
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška, Analýza výkonů studenta
Seznámit studenty s pokročilou molekulární dynamikou a metodami pro efektivní vzorkování (metadynamika, potenciál střední síly), nerovnouvážnými simulacemi.
|
|
Doporučená literatura
|
-
D. Frenkel, B. Smit, Understanding Molecular Simulation.
-
I. Nezbeda, J. Kolafa, M. Kotrla, Úvod do počítačových simulací: Metody Monte Carlo a molekuární dynamiky, Karolinum 2003..
|