|
Vyučující
|
|
|
|
Obsah předmětu
|
Obsah cvičení: 1) izolace genomové DNA, konstrukce restrikční genomové knihovny 2) příprava SSR-obohacené genomové knihovny hybridizací s biotinylovaným oligonukleotidem a následnou izolací produktů hybridizace pomocí streptavidinových magnetických mikročástic 3) klonování a amplifikace SSR-obohacené genomové knihovny; sekvenování klonů SSR obohacené genomové knihovny 4) navrhování primerů pro amplifikaci SSR lokusů (na základě získaných sekvencí nesoucích SSR motivy)
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Laboratorní práce
- Domácí příprava na výuku
- 10 hodin za semestr
- Účast na výuce
- 50 hodin za semestr
- Příprava na zápočet
- 10 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Jaderné mikrosatelity (SSR) představují vhodný a spolehlivý marker použitelný pro studium genetické variability organismů. Cílem kurzu je seznámit studenty s metodikou vývoje SSR markerů. Kurz probíhá formou blokových laboratorních praktik, během kterých si studenti na vlastních vzorcích vyzkouší kompletní postup metodiky izolace a vývoje specifických SSR primerů.
získání znalostí o vývoji mikrosatelitů a jeho praktickém provedení
|
|
Předpoklady
|
schopnost porozumět vědeckému textu v angličtině, schopnost dodržovat pravidla práce v laboratoři, znalost základních molekulárních metod (PCR, restrikční štěpení, purifikace DNA)
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Vypracování laboratorních protokolů
porozumění podstatě metod (schopnost vysvětlit technický princip), účast na praktických cvičeních, odevzdání laboratorních protokolů z praktických cvičení
|
|
Doporučená literatura
|
-
Nunome T., Negoro S., Miyatake K., Yamaguchi H., Fukuoka H. (2006): Protocol for the construction of microsatellite enriched genomic library. - Plant Mol. Biol. Rep. 24: 305-312..
-
Selkoe K.A., Toonen R.J. (2006): Microsatellites for ecologists: a practical guide to using and evaluating microsatellite markers. - Ecology Letters 9, 615-629..
-
Weising K., Nybom H., Wolff K., Kahl G. (2005): DNA Fingerprinting in plants: principles, methods and applications. 2nd ed. Taylor & Francois, Boca Raton..
-
Zane L., Bargelloni L., Patarnello T. (2002): Strategies for microsatellite isolation: a review. - Molecular Ecology 11, 1-16..
|