| Název předmětu | Courses of work with molecular data in R |
|---|---|
| Kód předmětu | KBO/148 |
| Organizační forma výuky | Cvičení |
| Úroveň předmětu | Doktorský |
| Rok studia | nespecifikován |
| Četnost výuky | V akademických rocích začínajících sudým letopočtem (např. 2024/2025), jen v zimním semestru |
| Semestr | Zimní |
| Počet ECTS kreditů | 4 |
| Vyučovací jazyk | angličtina |
| Statut předmětu | Povinný, Povinně-volitelný |
| Způsob výuky | Kontaktní |
| Studijní praxe | Nejedná se o pracovní stáž |
| Doporučené volitelné součásti programu | Není |
| Dostupnost předmětu | Předmět je nabízen přijíždějícím studentům |
| Vyučující |
|---|
|
| Obsah předmětu |
|
Obsah cvičení: Základní metodika práce s programem R, teorie použitých metod (krátké přednáškové bloky jsem před každým cvičením) Základy práce v R - jak se zadávají příkazy, instalují balíčky, čte se nápověda, typy proměnných, indexy apod.; Práce s Bioconductorem; Načítaní a exportování molekulárních dat různých typů a formátů.; Stažení sekvencí z databáze; Extrakce SNP ze sekvenačních dat; Extrakce polymorfismu ze sekvencí;Mikrosatelity, AFLP, SNP, sekvence, ?; Alignment; Manipulace s daty, konverze mezi formáty; Tvorba distančních matic, import vlastních matic; Export dat; Základní statistiky; PCoA; Fylogenetické stromy (NJ, UPGMA, parsimonie), jejich zobrazení a testování; MSN; Základní statistika, genetické indexy, heterozygosita, HWE, F-statistika; Práce s celogenomovými SNP daty; DAPC; Prostorové analýzy - Mantel test, Moran's I, Monmonier, sPCA, ?; Základy tvorby map; Ovládání Structure; Manipulace se stromy, zpracování většího množství stromů; Phylogenetic independent contrast; Phylogenetic autocorrelation; Phylogenetic PCA; Ancestral state reconstruction; Další rozšiřující témata?
|
| Studijní aktivity a metody výuky |
Aktivizující (simulace, hry, dramatizace)
|
| Výstupy z učení |
|
Naučit studenty analýzu molekulárních dat v programu R, představit dostupné balíčky pro analýzu molekulárních dat. Praktické vyzkoušení analýzy vlastních nebo poskytnutých dat.
|
| Předpoklady |
|
nespecifikováno
|
| Hodnoticí metody a kritéria |
|
Průběžné hodnocení
|
| Doporučená literatura |
|
| Studijní plány, ve kterých se předmět nachází |
| Fakulta | Studijní plán (Verze) | Kategorie studijního oboru/specializace | Doporučený semestr |
|---|