Předmět: Structural Bioinformatics

» Seznam fakult » FPR » KMB
Název předmětu Structural Bioinformatics
Kód předmětu KMB/927
Organizační forma výuky Přednáška + Cvičení
Úroveň předmětu Magisterský
Rok studia nespecifikován
Četnost výuky In each academic year, in the summer semester.
Semestr Letní
Počet ECTS kreditů 5
Vyučovací jazyk angličtina
Statut předmětu nespecifikováno
Způsob výuky Kontaktní
Studijní praxe Nejedná se o pracovní stáž
Doporučené volitelné součásti programu Není
Dostupnost předmětu Předmět je nabízen přijíždějícím studentům
Vyučující
  • Fessl Tomáš, Mgr. Ph.D.
Obsah předmětu
nespecifikováno

Studijní aktivity a metody výuky
nespecifikováno
Výstupy z učení
Students will learn to explore three dimensional protein structures through computational analysis. We will provide an overview of existing computational techniques, to validate, simulate, predict and analyze protein structures. More importantly, it will aim to provide practical knowledge about how and when to use such techniques.

Předpoklady
nespecifikováno

Hodnoticí metody a kritéria
nespecifikováno
Doporučená literatura
  • Baek et al, Accurate prediction of protein structures and interactions using a three-track neural network, SCIENCE, 19 Aug 2021, Vol 373, Issue 6557, pp. 871-876, DOI: 10.1126/science.abj8754.
  • Eswar N., Eramian D., Webb B., Shen M.Y., Sali A.: Protein structure modelling with MODELLER. Methods Mol. Biol..
  • GROMACS user manual (https://doi.org/10.5281/zenodo.7588711.
  • Jumper, J., Evans, R., Pritzel, A. et al. Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature 596, 583-589 (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2.
  • Yuriev E., Agostino M., Ramsland P.A.: Challenges and advances in computational docking: 2009 in review. J. Mol. Recognit. 24, 149-164 (2011), ISSN: 1099-1352.


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru/specializace Doporučený ročník Doporučený semestr