|
Vyučující
|
-
Tolar Nikolas, Mgr.
-
Nguyen Petr, RNDr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Lectures and practicals cover the following topics: 1) Introducing the Shell, basic commands 2) Files and directories 3) Pipes and filters 4) Loops 5) Shell scripts 6) Finding things 7) Introduction to Python, Variables, Logical operations 8) Basic data types, casting, flow control 9) Data import and export, Functions 10) Collection data types, exception handling 11) File handling and Modules 12) Real-life python usage in Bioinformatics, Biopython
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
- Účast na výuce
- 26 hodin za semestr
- Domácí příprava na výuku
- 25 hodin za semestr
- Příprava na zápočet
- 24 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
The course presents the basic computing tools needed to build automated and reproducible pipelines for biological data analysis, visualization and publication.
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
nespecifikováno
credit: attendance at practicals, home assignment
|
|
Doporučená literatura
|
-
Allesina S, Wilmes M (2019) Computing Skills for Biologists ? A Toolbox. Princeton University Press.
-
David M. Beazley, Python Cookbook. O'Reilly Media (2013).
-
Haddock SHD, Dunn CW (2010) Practical Computing for Biologists. Sinauer Associates https://swcarpentry.github.io/shell-novice/.
|