|
Vyučující
|
-
Piálek Lubomír, RNDr. Ing. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Obsah přednášky: Kurz zahrnuje výuku pokročilých molekulárních metod aplikovaných v současném evolučním výzkumu. Na základě aktuálních zájmů a potřeb studentů nabízí alternativně dva výukové bloky zaměřené na RAD genotypování a na NGS sekvenování na platformě Oxford Nanopore. Těžištěm kurzu jsou praktická cvičení, která budou doplňována teoretickými přednáškami k danému tématu. Obsah cvičení: Blok A: RAD genotypování 1. RAD-techniky jako jedna z metod sekvenování redukované reprezentace genomu. Double-digest RAD, výhody a nevýhody. 2. Příprava ddRAD knihovny pro sekvenování na platformě Illumina. 3. Purifikační a separační techniky používané při přípravě NGS knihoven. Purifikace produktu na magnetických kuličkách. Separace na platformě E-gel. Velikostní selekce DNA na platformě Pippin. 4. Úvod do zpracování získaných ddRAD dat. Základní příkazy OS UNIX, spouštění úloh v Metacentru. Kvalitativní filtrace získaných sekvencí. Příprava vstupních dat a tvorba jednoduchých skriptů pro spouštění programu Stacks. Generování SNP datasetů a úprava výsledné matice. Blok B: Sekvenování na platformě Oxford Nanopore Technologies (ONT) 1. Technologie nanopórového sekvenování na platformě ONT, přehled systémů. 2. Příprava DNA knihovny pro celogenomové sekvenování (WGS) 3. Sekvenování na přístroji MinION. Vyhodnocování sekvenačního běhu v reálném čase. 4. 'Basecalling' - úvod. Primární analýza ONT dat.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Laboratorní práce
- Účast na výuce
- 56 hodin za semestr
- Domácí příprava na výuku
- 4 hodiny za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem předmětu je osvojení si základů vybraných pokročilých molekulárních technik užívaných v současném evolučním výzkumu.
Studenti si osvojí některé pokročilé molekulárně-biologické laboratorní techniky používané v zoologickém výzkumu jako je RAD-genotypování a/nebo sekvenování na platformě Oxford Nanopore.
|
|
Předpoklady
|
Nejsou požadavky na předchozí laboratorní praxi. Opakovaný zápis možný jen v případě alternativního výukového bloku.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Systematické pozorování studenta
Vyžadována je 100% přítomnost a aktivní účast při cvičeních.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Andrews KR et al. (2016). Harnessing the power of RADseq for ecological and evolutionary genomics. Nature Reviews Genetics..
-
Catchen J et al. (2013). Stacks: an analysis tool set for population genomics. Molecular Ecology..
-
Peterson BK et al. (2012). Double Digest RADseq: An Inexpensive Method for De Novo SNP Discovery and Genotyping in Model and Non-Model Species. PLoS ONE..
-
Wilson BD et al. (2019). High-Fidelity Nanopore Sequencing of Ultra-Short DNA Sequences. bioRxiv..
|