|
Vyučující
|
-
Vohnoutová Marta, Ing.
-
Tolar Nikolas, Mgr.
-
Symonová Radka, doc. Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
1. Práce se sekvencemi ve formátech FASTA a FASTQ 2. Sekvence komplementární, reverzní a reverzní komplement, vyhledávání motivů 3. Sekvenční podobnost DNA a BLAST 3. Genomická data, výpočet GC% na úrovních DNA, cDNA a cds vůči délce fragmentů a GC1/2/3 u cds, vyhledávání CpG 5. Nukleotidové databáze a práce s nimi (Ensembl, ENA, NCBI, API/Entrez) 6. Tvorba fylogenetických stromů ze sekvencí DNA 7. Pairwise a multiple sequence alignment 8. Predikce genů, analýza kodonů, codon adaptation index 9.-10. Ad hoc bioinformatické nástroje v Pythonu s využitím Biopythonu Práce se sekvencemi DNA dle tématu přednášek.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
- Domácí příprava na výuku
- 25 hodin za semestr
- Příprava na zkoušku
- 25 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem předmětu je naučit se využívat Python/Biopython a další dostupné nástroje při základních bioinformatických analýzách získáním přehledu o existujících možnostech a praktických zkušeností z cvičení a společného semestrálního projektu.
|
|
Předpoklady
|
UAI 735I/UAI 673 Python Basics/Python základy
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
nespecifikováno
Seminární práce zahrnující vlastní analýzy s detailní dokumentací.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Antao T. Bioinformatics with Python, Cookbook.
-
Jones M. 2013. Python for Biologists.
-
Jones M. 2014. Advanced Python for Biologists.
-
Jones M. 2016. Effective Python Development for Biologists.
-
Jones M. 2020. Biological Data Exploration with Python, Pandas and Seaborn.
-
Matoulek et al. 2021. GC and Repeats Profiling along Chromosomes-The Future of Fish Compositional Cytogenomics https://www.mdpi.com/2073-4425/12/1/50.
-
Stevens & Boucher. 2015. Python Programming for Biology. Cambridge.
-
www.biopython.org.
|