|
Vyučující
|
|
|
|
Obsah předmětu
|
Chemie proteinů a peptidů. Fyzikální a chemické metody studia struktury proteinů. Vztah mezi strukturou a funkcí proteinů. Obsah: Chemie proteinů a peptidů, polymer aminokyselin; 3D struktura, sekundární struktura. Fibrilární a globulární proteiny, stabilita proteinů, kvarterní struktura. Sbalování a dynamika proteinů: sbalování proteinů, denaturace proteinů, sbalování a predikce proteinové struktury; dynamika proteinů; fluktuace atomů jejich pohyby a změny v konformaci. Experimentální metody studia proteinové struktury: pohyb v elektrickém poli, interakce částic s EM zářením (difrakce RTG, NMR, cirkulární dichroismus, ramanova spektra, difrakce neutronů). Teoretické metody studia struktury proteinů: modelování, molekulární dynamika, dokování; alosterická regulace
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming)
- Domácí příprava na výuku
- 25 hodin za semestr
- Účast na výuce
- 39 hodin za semestr
- Příprava na zkoušku
- 25 hodin za semestr
- Příprava na zápočet
- 10 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Chemie proteinů a peptidů. Fyzikální a chemické metody studia struktury proteinů. Vztah mezi strukturou a funkcí proteinů. Obsah: Chemie proteinů a peptidů, polymer aminokyselin; 3D struktura, sekundární struktura. Fibrilární a globulární proteiny, stabilita proteinů, kvarterní struktura. Sbalování a dynamika proteinů: sbalování proteinů, denaturace proteinů, sbalování a predikce proteinové struktury; dynamika proteinů; fluktuace atomů jejich pohyby a změny v konformaci. Experimentální metody studia proteinové struktury: pohyb v elektrickém poli, interakce částic s EM zářením (difrakce RTG, NMR, cirkulární dichroismus, ramanova spektra, difrakce neutronů). Teoretické metody studia struktury proteinů: modelování, molekulární dynamika, dokování; alosterická regulace
Po absolvování kurzu budou studenti: - mít přehled o struktuře proteinů s ohledem na chemické a biofyzikální vlasnotsti proteinů - mít přehled o použití technik pro predikci a molekulární modelování - mít přehled o sbalování proteinů in vitro v porovnání s in vivo procesy - mít znalosti o obecných postupech při purifikaci proteinů na základě jejich velikosti, náboje, hydrofobicity anebo jejich bioaktivitě - mít přehled o možných modifikacích proteinů chemickými reakcemi
|
|
Předpoklady
|
znalosti z kurzů: Biochemistry 1, Biochemistry 2, Biochemistry Laboratory 1, Biochemistry Laboratory 2, Biomolecular NMR Spectroscopy
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška, Analýza výkonů studenta
Student musí absolvovat praktickou část, aktivně diskutovat probíranou problematiku. Pro úspěšné složení zkoušky musí studenti ovládat probírané témata: sbalování proteinů, metody purifikac eproteinů, metody modelování struktury proteinů atd.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Lesk, Arthur M. Introduction to protein science: architecture, function, and genomics / Arthur M. Lesk. 1st ed. Oxford : Oxford University Press, 2004. 310 s..
-
Petsko, G & Ringe, D. Protein Structure and Function, New Science Press in association with Sinauer Associatesand Blackwell Science, London. 2003. 180 pp..
|