|
Vyučující
|
-
Tůma Roman, prof. Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Úvod - biochemie a vazba ligandů I Přednesl Prof. Jannette Carey (JC, Princeton University) Vazba ligandu II (JC) Struktura a vlastnosti bílkovin: (Roman Tuma, RT): Workshop ? online nástroje a nástroje pro vizualizaci struktury: AF3, Rossetta, SwissModel, ChimeraX, ProtParams, nástroje/servery CD atd. Biochemie nukleových kyselin ? vlastnosti, skládání, syntéza a aplikace (RT) Workshop: Sledování AF3, Rossetta, SwissModel, ChimeraX, ProtParams, CD nástroje/servery, přiřazení HW2 a skládání RNA, návrh primeru ? predikce stability duplexu, nalezení komplementarity Nukleové kyseliny a molekulární biologie ? replikace DNA, RNA polymerázy (RT) Workshop: pokračování v návrhu primeru a analýze DNA/RNA a HW3 Chemické a genetické modifikace, detekce a analýzy biomolekul (RT) Workshop: HW3 otázky Hostující přednáška ? RNA rozpoznávání jednotlivých molekul (Dr. Tomáš Fessl) Tok energie v biologických systémech Vazba ligandu (HW1) a proteinová struktura (HW2) workshop zpětné vazby na domácí úkol Membrány a skládání membránových proteinů (RT) Mechanismy přenosu signálu (RT) Různá zajímavá témata (RT) Editace genu CRISPR CAS-9
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming)
- Účast na výuce
- 52 hodin za semestr
- Příprava na zkoušku
- 50 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Studenti budou schopni vizualizovat a analyzovat strukturní aspekty biomolekul a jejich komplexů. Budou schopni predikovat vlastnosti běžných biopolymerů z jejich sekvencí. Studenti se seznámí s teorií základních metodologií analýzy biomolekul in vitro a procvičí si použití dostupných nástrojů in silico. Studenti se seznámí se současnými poznatky o mechanismech klíčových makromolekulárních komplexů v buňkách a jejich potenciálních aplikacích v biotechnologiích.
Students know the principles of biochemistry (k1), can describe and explain structures of biomolecules (k2), can apply the gained knowledge in other courses and their research (k3), recognize the structures and structural motifs of biomolecules (k4).
|
|
Předpoklady
|
Biochemistry I (UCH/757), znalosti z obecné, organické a anorganické chemie, buněčné biologie.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Test
40 % známky z kurzu bude pocházet ze 4 domácích úkolů, 20 % z kvízů ve třídě a zbývajících 40 % z písemné zkoušky ve třídě plánované na 19.5. 2015 Skóre pro úspěšné absolvování je 50 % z dosažitelného maxima.
|
|
Doporučená literatura
|
-
A. L. Lehninger, D. L. Nelson, M. M. Cox: Principles of Biochemistry. Worth Publishers, New York, 1993.
-
D. Voet, J. G. Voet: Biochemistry. Victoria Publishing Ltd.
-
J. Stenesh: Biochemistry. Plenum Press,New York&London, 1998.
|