|
Vyučující
|
-
Piálek Lubomír, RNDr. Ing. Ph.D.
-
Vlček Jakub, RNDr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
1. Bioinformatika - úvod, historie, typy dat a bioinformatických nástrojů 2 .Sangerovo sekvenování, vizualizace dat, návrh primerů 3. Masivně paralelní sekvenování (MPS), analýza kvality 4. Homologie v genetických datech - alignment 5. Genetické databáze a jejich využití 6. Sestavování (assembly) genomu a jeho anotace 7. Mapování MPS dat na referenční genom 8. Hledání variabilních míst v mapovaných datech - variant calling 9. Vyhodnocení a filtrování genetických variant 10. Polymorfismus, odhad populační struktury a historie populací 11. Rekonstrukce příbuzenských vztahů 12. Moderní tendence v bioinformatice - zlatá pravidla a vliv umělé inteligence Obsah cvičení/semináře: V rámci cvičení si studenti vyzkouší samotné zpracování genetických dat pomocí bioinformatických postupů. Na každou přednášku navazuje cvičení, které přednášku rozvíjí v praktickém směru.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
nespecifikováno
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem předmětu je pochopení základních bioinformatických postupů na příkladu zpracování velkých genetických dat.
|
|
Předpoklady
|
Předpokládá se základní znalost práce na počítači, genetiky a matematiky.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
nespecifikováno
zápočet: účast na praktických cvičeních (maximálně dvě absence) zkouška: písemná (formou testu), požadavkem ke zkoušce je splnění zápočtu
|
|
Doporučená literatura
|
-
Bioinformatics data skills, Vince Buffalo, O'Reilly 2015.
-
Bioinformatics for High Throughput Sequencing, N. Rodriguez-Ezpeleta et al., Springer 2012.
-
Practical bioinformatics for beginners, Low & Tammi 2023.
-
Practical computing for biologists, S. Haddock & C. Dunn, Sinauer 2011.
-
Úvod do praktické bioinformatiky, F. Cvrckova, 2006.
|